تخمین میزان رسوب­گذاری در بنادر و خورها از اهمیت زیادی در طراحی سازه­های دریایی برخوردار می­­ باشد. در این مقاله، فرآیند رسوب­گذاری در خور بوشهر به عنوان یکی از مهمترین پیکره­های آبی جنوب ایران با استفاده از شبیه‌سازی ریاضی و مشخصاً نرم‌افزار MIKE 21 مورد بررسی قرار گرفت. روش کار در این مطالعه به این صورت بوده است که در گام نخست با استفاده از ترا‌زهای آب ثبتی در منطقه چابهار، یک مدل عددی هیدرودینامیکی بزرگ مقیاس به کمک ماژولFM  نرم‌افزار MIKE 21 توسعه داده شد. این در حالی بود که مدل مورد نظر با استفاده از ترازهای آب ثبت شده در ایستگاه ایران ‌سیام بوشهر کالیبره شد. سپس با استفاده از یک مدل محلی، وضعیت جریانات و نوسانات جزر و مدی در محدودۀ طرح با دقت بیشتری مورد ارزیابی قرار گرفت. در توسعه این مدل محلی از نتایج مدل کلی توسعه داده شده برای محدودۀ بوشهر استفاده گردید. در گام دوم با استفاده از غلظت رسوبات معلق ثبت شده در نقاط مختلف کانال بوشهر، روند رسوب­گذاری در محل خور بوشهر به وسیله ماژول MT نرم­افزار MIKE 21 در قالب یک مدل محلی مدل­سازی شد. بعد از توسعه و کالیبراسیون مدل مذکور، به منظور بررسی روند رسوب­گذاری سالانه در خور بوشهر این مدل برای مدت 1 سال اجرا گردید. نتایج نشان داد که در هر سال میزان رسوب­گذاری در داخل خور بوشهر از حدود 7 سانتی‌متر در جلو اسکله شرکت بازرگانی و خدمات بندری ایران (CPS) تا 22 سانتی متر در محل اسکله کوثر خواهد بود.